Что может подумать человек, очнувшийся после взрыва и обнаруживший, что по переборке рядом с тобой стучат пули, и кто-то, который обращается к тебе, как к своему боевому товарищу, не успевает полностью озвучить приказ и падает, прошитый очередью? Лара оказывается именно в таком положении. Она принимает участие в бою и совершает посадку аварийного корабля. А после посадки начинается что-то странное. Во-первых, она осознает, что не помнит о себе абсолютно ничего. А во-вторых, те, кого она считала своими, неожиданно пытаются ее убить. Ей удается расправиться с противниками и бежать. Но куда бежать? В памяти пустота, из одежды – странная полевая форма без знаков различия и документов. Правда, тело сохраняет навыки бойца и пилота, хотя Лара и не помнит, когда всему этому научилась. Но после доступа ко всей памяти и осознания своей сущности, боевой киборг Лара принимает облик своего врага  – Елены Крюгер и бежит вместе со своей подругой Майей с Земли на яхте «Каролина». Перед самым вылетом она понимает, что раскрыта, и враги стараются вернуть ее обратно, подослав своего человека, попытавшегося ее отключить. Но противник еще не знает, что программа Лары взломана и изменена Майей, в результате чего Лара получает полную автономность и становится практически бессмертной.